藥物研究所于2010年成立，目前分為南京研發中心和大豐研發中心，是公司進行新藥研發的主要平臺。研究所現有博士、碩士等70多人研發團隊，具備先進的高精密儀器設備，研究所承擔著正大豐海創新藥與仿制藥研發等科研工作，能夠滿足創新藥的篩選與評價、仿制藥小試開發與中試放大的研究需要。目前，研究所聚焦腸內營養（包括醫用食品、液體治療）、消化疾病領域、心腦血管疾病領域，關注精神神經和抗真菌領域的藥物研發。